به طور کلي تصفيه فاضلاب در انباره هاي تعفن به طور ناقص انجام مي گيردو آنهم براي جمعيتي محدود. اين تصفيه ناقص تنها موجب مي شود که دفع فاضلاب به زمين آسانتر انجام گرفته و دفع آن به منابع طبيعي در روي زمين زيان کمتري را به محيط زيست وارد سازد ولي در هر صورت داراي معايب يک تصفيه ناقص مي باشد. سپتيک تانک از نظر کار خود نيز داراي اين عيب است که قسمتي از مواد ته نشين شده در کف انبار به علت تعفن و توليد گازها همراه اين گاز به سطح فاضلاب در انباره آمده و موجب اختلال در کار سپتيک تانک مي شود. همچنين ممکن است اين مواد همراه فاضلاب بيرون آيد.
از جمله مشکلاتي که در جمع آوري فاضلاب خام در سطح روستاها وجود دارد عدم جريان کافي فاضلاب در لوله ها مي باشد. اين مسأله باعث مي شود سرعت کافي در لوله ها بوجود نيامده و به علت کم بودن سرعت، مواد معلق در لوله رسوب و سيستم از کار بيفتد. پيرو همين نقطه ضعف سيستم هاي جمع آوري فاضلاب متداول بوده که تصميم به جمع آوري فاضلاب ته نشين شده از مخازن سپتيک گرديد. پساب خروجي از مخزن که مواد معلق خود را در مخزن از دست داده است قادر خواهد بود با سرعت و شيب کمتري بدون مشکل در فاضلابروها جريان يابد.
قابل توجه است که فاضلابروي ساختمان که عمل جمع آوري فاضلاب توليدي و انتقال آن را تا مخزن سپتيک عهده دار است بر اساس فاضلابروهاي متداول طراحي مي شوند بنابراين لازم است که به مسأله حداقل سرعت و شيب در اين فاضلابروها دقت شود. در صورتي که بتوان به حل اين مسأله فائق شد و از طرفي بتوان موقعيت مخزن را طوري انتخاب نمود که چند خانه را با هم سرويس دهد مي توان فاضلاب چند خانه را جمع آوري و به مخزن سپتيک انتقال داد.
در مناطق روستايي مطرح است مي توان استفاده از مخزن سپتيك را نام برد. مخزن سپتيك براي مناطقي كه جنس زمين غير قابل نفوذ باشد و نتوان از چاههاي جاذب سود جست و براي منازل و مؤسساتي كه در نواحي روستايي و يا دور از دسترس شبكه هاي جمع آوري فاضلاب قرار دارند، مي تواند يك روش قابل قبول تصفيه فاضلاب باشد.
مخزن سپتيك در واقع يك مخزن ته نشيني كوچك مي باشد كه به دليل زمان ماند طولاني، فاضلاب در آن تحت اثر باكتريهاي غير هوازي به حالت معلق در مي آيد. سرپوشيده نمودن آن به منظور جلوگيري از مزاحمت بوي نامطبوع مي باشد.نظر به اهميتي كه مخزن سپتيك در كاهش آلودگي و مواد آلي فاضلاب دارد، اغلب به عنوان يك راه حل موقت دفع فاضلاب بكار مي رود. در اين روش كليه فاضلاب منزل بوسيله فاضلاب رو ساختمان وارد مخزن مي گردد. فعل و انفعالاتي كه در مخزن سپتيك صورت مي گيرد عبارتست از پالايش ابتدايي فاضلاب كه همان ته نشيني است، حتماً موادي كه در مخزن ته نشين و يا رونشين مي شوند مراحلي از تصفيه را مي گذرانند كه درباره آن نيز مختصري گفتگو خواهد شد.
مخزن به نحوي طرح مي شود كه فاضلاب ورودي به آن تقريباًبين يك تا سه روز باقي مي ماند در مدت مذكور مواد معلق بالنصبه سنگين فاضلاب به صورت لجن در كف مخزن ته نشين شده و بيشتر مواد معلق سبك و از جمله روغن و چربي به تدريج به شكل كف غليظي در سطح مايع شناور مي گردد. وقتي كه مقدار فاضلاب وارد مخزن مي شود به اندازه هم حجم آن پساب از لوله خروجي دفع مي شود. لجن ته نشين شده در كف مخزن در اثر فعاليت باكتريهاي غير هوازي تجزيه گرديده ايجاد گاز مي نمايد. نتيجه فعل و انفعالات مزبور، كاهش قابل ملاحظه حجم لجن مي باشد و به همين دليل معمولاً تخليه لجن مخزن هر 2 تا 4 سال يكبار بر حسب زمان ماند اوليه ضرورت مي يابد. در پساب مخزني كه صحيح طرح و اجرا شده است مواد معلق و تيرگي كمي وجود خواهد داشت معذالك هنوز كاملاً صاف نيست و بوي مخصوص فاضلاب مي دهد. بعلاوه پساب مزبور احتمالاً از نظر بهداشت به علت در برداشتن باكتريهاي بيماري زا، كيست و تخم كرمهايي كه كاملاً از بين نرفته اند مخاطره انگيز مي باشد.
همزمان و متناوب با تجزيه لجن در مخزن گاز توليد مي شود كه به صورت حبابهاي ريز به سوي سطح مايع صعود مي نمايد. گازهاي مزبور در حين برخورد به فاضلاب وارده مولكولهاي آن را با موجودات ريز كه عامل اصلي عمليات تجزيه اند جذب مي كنند. ذرات مزبور در سطح مايع تجمع يافته و به تدريج آن را سنگين و ضخيم مي كند تا آنجه كه كف مذكور در اثر افزايش وزن اندكي ريز سطح مايع قرار مي گيرد. گسترش لايه هاي شناور گاهي به ميزاني است كه سطح زيرين آن حتي تا درون فاضلابروي اصلي نيز ادامه مي يابد. پيدايش اين وضع معمولاً همزمان با افزايش لجن در كف مخزن است و نتيجتاً گذرگاه فاضلاب در داخل مخزن آنقدر كوچك مي شود كه فرصت كافي براي ته نشين شدن مواد معلق فاضلاب تازه تخليه شده باقي نمي ماند و در نتيجه در پساب مخزن مقدار قابل توجهي مواد شناور مشاهده خواهد شد. اشكال مزبور را مي توان با تخليه و تنظيف منظم مخزن مرتفع كرد.
از طرف ديگر صعود حبابهاي گاز در درون مايع مخزن تا حدودي سير طبيعي ته نشيني مواد جامد را مختل مي كند. راه حل اين مشكل ساختمان يك مخزن دو انباره است. به اين ترتيب كه مواد معلق سبك كه از انباره اول خارج مي شوند با شرايط مساعدتري در محيط آرام انباره دوم ته نشين مي شوند. اين كار به خصوص در مواقعي كه حجم لجن ته نشين شده زياد و تجزيه بي هوازي سريعاً در حال گسترش است، بسيار موثر مي باشد. لجن انباره دوم معمولاً يكنواخت تر و كف متشكله در آن كمتر از انباره اول است. مواد معلق، پساب چنين دستگاهي نيز كمتر از دستگاه يك مخزنه است.